午後の問題で予想される被害はなにかという問いで「機密情報が窃取されること」という模範解答があるとして「機密情報が流出すること」と書いた場合間違いでしょうか？

窃取は悪意ある攻撃で情報が盗まれるというイメージですが、
流出は悪意の有無に関わらず情報が漏洩するというイメージを持ってしまいます。

このあたりのニュアンスも回答に反映されるでしょうか？

スレ主さんのおっしゃる通り、「窃取」と「流出」については微妙なニュアンスの違いがあるのは事実ですね。
この点に気を回しておられるスレ主さんのセンスはさすがです。相当勉強されてますね。
ただ、午前と異なり、午後の判定基準は正直言って誰にもわかりません。
あくまで私見ですが、模範解答が「窃取」のところを「流出」と記述しても完全な間違いにはならない（少なくとも部分点は期待できる）のではないかでしょうか。
要は、リスクの性質・内容を大きく外していなければよいと思われます。
ご参考になれば幸いです。