IPAの回答では
「Tサービスで認証されたS会員のTIDが、Sサービス内に登録されていることを確認する」
とあります。

問題文にある「既存のS会員」は、TサービスのTIDを持っていないと思うので
S認証モジュールを停止した後は、これらの会員をどうやって認証するのでしょうか？

本文中に、「全面改修してS認証モジュールを停止した後の利用者認証の実現方式についてY氏に確認した。」
とあるので、問4は将来的にどのような仕様になるのか？という会話に対する問になっています。

具体的な移行方法等は本文に記載はありませんが、
「今回の改修でのID連携では、既存のS会員は対象とせず、新規登録のS会員だけを対象とする。改修後も当面は既存のS会員の認証のために、S認証モジュールも継続して稼働させる。」
とあるのでしばらくは既存の方法でログインができると思われます。

その後、移行期間を用意し、既存のS会員がTサービスと連携する機能を用意してログイン方法の変更のお知らせを行ったり、ログイン時にTサービスとの連携用ページを表示する等の機能を実装し、移行を促すのではないかと思われます。

移行期間終了後「Tサービスで認証されたS会員のTIDが、Sサービス内に登録されていることを確認する」に統一して運用されるのではないでしょうか？

むぐむぐさん、返信ありがとうございます。
返信頂いたように、将来的にどのような仕様になるか推測して回答しないと、ということですね。